非典型肺炎大多数人感染4天后发病，以发烧为首位症状，持续39℃以上数日。部分人可伴有头痛、畏寒、乏力、关节痛、全身酸痛、腹泻。呼吸道症状明显，干咳、少痰，偶有血丝痰，重则5天后出现呼吸加速、憋气等呼吸困难症状，极个别病人出现呼吸衰竭，如诊治延误可引起死亡。
因此，一旦发生发热、咳嗽等症状，及时就医，早期诊断治疗是防治关键。据广东经验，续发的第二代、第三代病人的病原、毒力减弱，病情减轻，因此不要随意服用预防药物。食醋熏蒸和服用板蓝根不能阻止该病传播，滥用药物有害无益。